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Cancer Immunol Res:利用“大数据”寻找肿瘤免疫治疗的新方向

2016年7月22日讯 /生物谷BIOON/ --最近来自Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute(SBP)的研究人员发现了超过100个影响癌症免疫应答的新基因区域。这项发表在国际学术期刊Cancer Immunology Research上的最新研究将推动免疫疗法的开发,找到更多增强免疫系统杀伤肿瘤的新策略。

“通过对一个大型的公共基因组数据库进行分析,我们发现了122个可能影响癌症免疫应答的基因区域,这些区域发生的基因突变与肿瘤组织中免疫细胞的存在与否有关。”文章作者Eduard Porta-Pardo博士这样说道。他还表示,“其中许多基因区域将为肿瘤免疫研究提供新的方向,有助于开发新的肿瘤免疫治疗方法。”

目前多数肿瘤免疫治疗都依赖一个类似的策略——解除对免疫系统的限制。如果免疫系统能够将肿瘤识别为威胁因素,那么这些治疗方法将非常有效,但是一些癌症仍然会通过至今未知的一些机制将免疫细胞阻挡在外。

文章高级作者Adam Godzik教授表示:“想要开发适用于多种癌症的免疫疗法,我们需要知道更多关于免疫系统如何与肿瘤发生相互作用的信息。而我们的研究恰好提供了许多新的方向。”

Porta-Pardo评论道:“基因突变会通过不同方式影响编码蛋白功能,而这种功能的改变又依赖于蛋白质突变发生的位置,基于这一事实我们能够对导致癌症的突变进行高精度鉴别。依据我们开发的新算法domainXplorer我们可以发现蛋白质结构域突变与表型之间的关联性,在这篇文章中就是蛋白质结构域突变与肿瘤组织中免疫细胞浸润数量之间的关联性。”

这项工作表明开发数据具有非常重要的价值,研究人员可以从Cancer Genome Atlas中获取病人肿瘤样本的基因组数据直接进行分析,而不需要建立庞大的合作网络来获取大量组织样本。他们计划下一步使用算法寻找与肿瘤组织中特定免疫细胞类型有关的基因区域,这样就可以揭示更多关于肿瘤免疫的详细信息。(生物谷Bioon.com)

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原始出处:Genetic drivers of immune response to cancer discovered through 'big data' analysis 

doi: 10.1158/2326-6066.CIR-15-0233 

Mutation drivers of immunological responses to cancer

Eduard Porta-Pardo1 and Adam Godzik2,

In cancer immunology, somatic missense mutations have been mostly studied regarding their role in the generation of neoantigens. However, growing evidence suggests that mutations in certain genes, such as CASP8 or TP53, influence the immune response against a tumor by other mechanisms. Identifying these genes and mechanisms is important because, just as the identification of cancer driver genes led to the development of personalized cancer therapies, a comprehensive catalog of such cancer immunity drivers will aid in the development of therapies aimed at restoring antitumor immunity. Here we present an algorithm, domainXplorer, that can be used to identify potential cancer immunity drivers. To demonstrate its potential, we used it to analyze a dataset of 5,164 tumor samples from TCGA and to identify protein domains whose mutation status correlates with the presence of immune cells in cancer tissue (immune infiltrate). We identified 122 such protein regions including several that belong to proteins with known roles in immune response, such as C2, CD163L1, or FCgammaR2A. In several cases we show that mutations within the same protein can be associated with more or less immune cell infiltration, depending on the specific domain mutated. These results expand the catalog of potential cancer immunity drivers and highlight the importance of taking into account the structural context of somatic mutations when analyzing their potential association with immune phenotypes.